日本〜スペイン間で姉妹都市・友好都市の提携を結んでいるのは以下の通りである。
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最も積極的な相互交流を図っている提携のひとつが、山口市とパンプローナだ。16世紀の宣教師フランシスコ・サビエルは、来日した際に山口でも布教活動を行い、庇護を受けた大内義隆に美装された本を贈って西洋文化を紹介した。サビエルはパンプローナ市の近郊、ハビエル村の生まれである。その縁で1980年に両市は姉妹都市関係を結ぶこととなった。山口市には「山口サビエル記念聖堂」が、パンプローナには日本庭園などで構成される「山口公園(Parque de Yamaguchi)」が作られている。
他にも、奈良市では毎年、市民をトレドの夏期講座に派遣するとともに、トレド市民を高校のスペイン語助手として招くなどの交流を行っている。神戸市は、バルセロナの他にもシアトル、マルセイユ、リオデジャネイロなど、世界各国の港湾都市と姉妹都市関係にある。
産業・技術に関しても姉妹都市間をはじめとして、様々なレベルで日本とスペインとの国際交流が行われている。「水仙の里」福井県越廼村はバルセロナ植物園と水仙研究に関する友好提携を結んでいるし、香川県とアンダルシア自治州ではオリーブ栽培、三重県とバレンシア自治州は陶器産業、山口県とナバラ自治州およびカタルーニャ自治州はファッション部門で、それぞれ協力しあい地域産業の振興を目指している。また、日本政府は野菜のハウス栽培や養魚技術についてアンダルシア自治州と技術協力を行っている。